Về phương pháp lấy mẫu trong nội tiết động vật hoang dã thì việc lấy mẫu luôn phụ thuộc vào tính khả thi của quy trình lấy mẫu. Nếu một người đang đánh giá sức khỏe của con người hoặc động vật nuôi nhốt, dựa trên loại thông tin mà người đó đang tìm kiếm, thì việc lấy mẫu có thể thay đổi[5]. Đối với động vật, việc lấy máu hoặc lấy mô từ động vật nuôi nhốt sẽ dễ dàng hơn. Ở đây, cái mà người ta cần phải liên lạc chặt chẽ hơn với cá thể mục tiêu mà đã định sẵn. Nhưng khi làm việc với động vật hoang dã, điều này có thể không thực hiện được và do đó có thể thực hiện các phương pháp lấy mẫu khác như lấy mẫu không xâm lấn[6]. Trên cơ sở này, có hai loại lấy mẫu:

Lấy mẫu xâm lấn: Lấy mẫu máu và mô được biết là lấy mẫu xâm lấn. Các mẫu xâm lấn rất khó thu thập nhưng đồng thời cung cấp dữ liệu về hiện trạng sức khỏe tổng quát[7]. Các thông số, dữ liệu về DNA, nồng độ hormone, dấu hiệu nhiễm trùng và sức khỏe tổng quát của sinh vật đều có thể được kiểm tra từ một mẫu máu duy nhất. Mặc dù có lợi cho việc cung cấp nhiều thông tin hơn, nhưng hầu hết các nhà nghiên cứu thích phương pháp lấy mẫu không xâm lấn[6].

Lấy mẫu không xâm lấn: Trong trường hợp cụ thể diễn ra ở động vật, việc lấy mẫu xâm lấn như vậy đòi hỏi phải giới hạn hoặc bắt giữ cá thể được chỉ định[8]. Lấy máu hoặc lấy mô vẫn dễ dàng hơn đối với động vật nuôi nhốt nhưng đối với động vật hoang dã, điều đó trở nên rất khó khăn hơn. Động vật hoặc cần được nhốt hoặc cho an thần, điều này trong nhiều trường hợp là không thể về mặt hậu cần đối với động vật hoang dã. Hơn nữa, trong trường hợp đo cortisol, việc hạn chế trong quá trình lấy mẫu máu có thể là nguyên nhân gây căng thẳng và có khả năng dẫn đến tăng nồng độ hormone căng thẳng[9].

Do đó, để khắc phục điều này, có thể tiến hành lấy mẫu không xâm lấn, dễ thu thập hơn và không gây hại cho động vật. Sau đây là một số ví dụ có tính điển hình về các mẫu không xâm lấn có thể được thu thập từ các loài động vật, tùy thuộc vào sự phù hợp của quy trình lấy mẫu: Lông, Lông vũ, Nước tiểu, Nước bọt, Chất trong phân (FM). Ta có thể dễ dàng thu thập lông, nước tiểu, nước bọt và phân từ động vật nuôi nhốt cũng như động vật hoang dã. Điều này có thể được thực hiện ở phần lớn các đơn vị phân loại động vật bao gồm hầu hết các loài bò sát, chim chóc, động vật có vú và lưỡng cư[10].